北山バプテスト教会は、日本バプテスト連盟に加盟しています。バプテストは17世紀のイギリスで生まれたプロテスタントのひとつです。日本においては1873年に伝道が始まりました。
わたしたちは聖書に根ざした自発的な信仰と、ひとつひとつの教会の自由と平等（各個教会主義）、そして政教分離を大切にしています。
左京区にある日本バプテスト病院、日本バプテスト看護専門学校をはじめ、福岡の西南学院、西南女学院や重症心身障害児施設久山療育園などもバプテスト連盟による事業です。
これまでの当教会のあゆみについては「教会の歴史」のページを、バプテストについてより詳しく知りたいという方は、「バプテストの信仰」のページをご覧ください。